20 ก.ย. 59 เวลา 13.30 น. ที่ตึกนารีสโมสร ทำเนียบรัฐบาล พล.ต.สรรเสริญ แก้วกำเนิด โฆษกประจำสำนักนายกรัฐมนตรี แถลงภายหลังประชุมคณะรัฐมนตรี(ครม.)ว่า นายอาคม เติมพิทยาไพสิฐ รมว.คมนาคม ได้ชี้แจงต่อที่ประชุมถึงสาเหตุของเหตุการณ์เรือล่มที่ จ.พระนครศรีอยุทธยาว่า ประการแรกสาเหตุที่ทำให้มีอุบัติเหตุและมีการเสียชีวิตจำนวนมากนั้น เนื่องจากเรือลำดังกล่าวสามารถรับผู้โดยสารได้จำนวนหนึ่ง แต่ในขณะเกิดเหตุนั้นบรรทุกไปเกือบสองเท่า ของจำนวนผู้โดยสารที่จะรับได้อย่างปลอดภัย ซึ่งผู้ที่ควบคุมเรือก็ได้ให้สัมภาษณ์ไปแล้ว่า จะให้ทำอย่างไร ในเมื่อโดยสารเขาจะขึ้นมา ประการที่สอง ผู้โดยสารเอง ทั้งที่เห็นแล้วว่าเรือค่อนข้างจะเต็มและแออัด แต่ยังจะใช้บริการ รวมถึงคือเครื่องชูชีพที่จะใช้ช่วยเหลือเมื่อเกิดอุบัติเหตุ ก็มีไม่ครบ และประการสุดท้าย คือตอหม้อจุดที่ทำให้เกิดอุบัติเหตุซึ่งติดอยู่กับโป๊ะ โดยเวลาปกติเมื่อน้ำน้อยจะมองเห็น แต่เมื่อน้ำมากก็จะจมใต้น้ำทำให้เรือมองไม่เห็น จนเกิดการชนขึ้น อีกทั้งโป๊ะท่าดังกล่าวไม่ใช่ของส่วนราชการ แต่เป็นที่วัดจัดทำขึ้น ทั้งหมดนี่คือสาเหตุหลัก
โดยพล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี ได้สั่งการมาว่า ขั้นตอนแรกให้สอบสวนกันว่า มีใครทีมีส่วนเกี่ยวข้องในการประมาทเลินเล่อ หรือคิดถึงแต่เรื่องผลกำไรโดยไม่คำนึงถึงความปลอดภัย จากนั้นก็ดูในเรื่องของกฎหมายที่เกี่ยวกับการจราจรทางน้ำที่มีอยู่แล้ว แต่ผู้ที่เกี่ยวข้องละเลยไม่ปฏิบัติ ขณะเดียวกันผู้โดยสารเองก็อาจขึ้นเรือโดยรู้เท่าไม่ถึงการณ์ว่าจำนวนนั้นแน่นเกินไป และในส่วนตัวโป๊ะนั้น อาจต้องใช้อำนาจในการตรวจสอบ ซึ่งรวมไปถึงโป๊ะท่าเรืออื่นๆด้วย อย่างไรก็ตาม นายกฯได้ฝากแสดงความเสียใจไปยังญาติผู้สูญเสีย ที่ขณะนี้มีผู้เสียชีวิตแล้ว 26 ราย และยังหาไม่เจออีก 3 ราย และฝากหน่วยงานเกี่ยวข้องทุกฝ่ายดำเนินการสอบสวน พักใบอนุญาต โดยรมว.คมนาคมชี้แจงว่า ต้องดำเนินการทั้งทางแพ่งกับเจ้าของเรือ และทางอาญากับผู้ควบคุมเรือ นอกจากนี้ยังกำชับทุกหน่วยงานที่เกี่ยวข้องไปกำกับดูแล ตรวจสอบ การเดินทาง การขนส่งสาธารณะ ที่ไม่เฉพาะทางเรืออย่างเดียว โดยให้กรณีนี้เป็นอุทาหรณ์ ไม่ให้เกิดขึ้นมาอีก