เมื่อวันที่ 22 สิงหาคม พลเอกประยุทธ์ จันทร์โอชา หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) ได้ออกคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 49/2559 เผยแพร่ทางราชกิจจานุเบกษา เรื่อง มาตรการอุปถัมภ์และคุ้มครองศาสนาต่างๆ ในประเทศไทย ให้มีผลในวันที่ 22 สิงหาคม 2559 มีเนื้อหาระบุว่า โดยที่รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทยเกือบทุกฉบับที่มีมาในอดีตและฉบับที่ได้รับความเห็นชอบในการออกเสียงประชามติเมื่อวันที่ 7 สิงหาคม พ.ศ.2559 ซึ่งจะประกาศใช้เป็นกฎหมายสูงสุดของประเทศในเร็วๆ นี้ต่างบัญญัติรับรองว่า บุคคลย่อมมีเสรีภาพบริบูรณ์ในการนับถือศาสนาและมีเสรีภาพในการปฏิบัติหรือประกอบพิธีกรรมตามหลักศาสนาของตน ดังนั้น รัฐธรรมนูญจึงได้กำหนดแนวนโยบายแห่งรัฐว่า รัฐพึงอุปถัมภ์และคุ้มครองพระพุทธศาสนาและศาสนาอื่น ซึ่งในประวัติการปกครองของประเทศไทย พระมหากษัตริย์และทางราชการได้อุปถัมภ์บำรุง และอารักขาคุ้มครองศาสนาพุทธ ศาสนาอิสลาม ศาสนาคริสต์ ศาสนาพราหมณ์-ฮินดู และศาสนาซิกข์เสมอมา ประชาชนมีเสรีภาพในการนับถือ
การปฏิบัติพิธีกรรม ตลอดจนการศึกษาและการเผยแผ่หลักธรรมคำสอนของทุกศาสนา การละเมิดศาสนวัตถุ ศาสนสถาน อันเป็นการเหยียดหยามศาสนาของหมู่ชนใด การก่อความวุ่นวายในเวลามีพิธีกรรม และการแต่งกายหรือใช้เครื่องหมายของศาสนบุคคลโดยมิชอบ ย่อมเป็นความผิดตามกฎหมาย แม้แต่การละเมิดจารีตประเพณีทางศาสนาใดๆ ก็ถือว่าเป็นพฤติกรรมที่สังคมตำหนิติเตียน หากผู้กระทำเป็นเจ้าหน้าที่ของรัฐย่อมมีความผิดทางวินัย นอกจากนั้น ยังเป็นที่ยอมรับว่าศาสนาทั้งหลายต่างก็มีอิทธิพลเกื้อกูลวัฒนธรรมและวิถีชีวิตของประชาชนชาวไทย แม้แต่บรรพชนไทยในอดีตที่มีส่วนในการรักษาเอกราชอธิปไตยและพัฒนาเศรษฐกิจ สังคม การเมือง การปกครอง ก็ประกอบด้วยศาสนิกชนที่แม้นับถือศาสนาต่างกันแต่ก็ไม่มีปัญหาความแตกแยก เพราะมีจิตใจยึดมั่นในความเป็นชาติไทยร่วมกัน
อย่างไรก็ตาม ในขณะที่ประเทศชาติกำลังต้องการความรู้รักสามัคคี ความปรองดอง และการปฏิรูปประเทศเพื่อไปสู่ความเจริญรุ่งเรือง ความสงบเรียบร้อย และความร่มเย็นเป็นสุข ส่วนศาสนาก็มีบทบาทสำคัญในการส่งเสริมคุณงามความดีและคุณธรรมที่ก่อให้เกิดความสงบร่มเย็น แต่กลับมีบางฝ่ายนำความแตกต่างอันเป็นปกติของสังคมที่มีความหลากหลายทางวัฒนธรรมมาขยายความหรือบิดเบือนให้เป็นความขัดแย้งในหมู่ศาสนิกชน ทั้งที่ศาสนาเป็นเรื่องละเอียดอ่อนเพราะเกี่ยวกับความเชื่อความศรัทธา ประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมของชนในชาติ จึงสมควรกำหนดมาตรการเพื่อประโยชน์ในการปฏิรูปความสมานฉันท์ของประชาชนในชาติ และการป้องกันการกระทำอันเป็นการบ่อนทำลายความสงบเรียบร้อยและความมั่นคงแห่งชาติ
อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 44 ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย (ฉบับชั่วคราว) พุทธศักราช 2557 หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ โดยความเห็นชอบของคณะรักษาความสงบแห่งชาติ จึงมีคำสั่งดังต่อไปนี้
ข้อ 1 การอุปถัมภ์และคุ้มครองทุกศาสนาอันเป็นที่ยอมรับของทางราชการและประชาชนชาวไทย และการส่งเสริมศาสนิกชนทั้งหลายให้มีบทบาทในการพัฒนาประเทศ การสร้างความสามัคคีปรองดองและการปฏิรูปประเทศโดยไม่ขัดต่อกฎหมายและหลักธรรมคำสอนทางศาสนาเป็นหน้าที่ของทุกหน่วยงานของรัฐ
ข้อ 2 ในการอุปถัมภ์และคุ้มครองพระพุทธศาสนา โดยที่ประชาชนชาวไทยส่วนใหญ่นับถือพระพุทธศาสนาตามแบบเถรวาทมาช้านาน ดังที่วัดวาอาราม พระภิกษุ การประกอบพิธีของทางราชการ บทสวดมนต์ การศึกษา การเผยแผ่ ตลอดจนการจัดการปกครองคณะสงฆ์ล้วนเป็นไปตามแบบเถรวาทมานานหลายศตวรรษ จึงให้หน่วยงานของรัฐส่งเสริมและสนับสนุนการศึกษา และการเผยแผ่หลักธรรม คำสอนที่ถูกต้องตามแนวทางดังกล่าวเพื่อให้เกิดการพัฒนาจิตใจและปัญญา สอดคล้องกับความเลื่อมใสศรัทธาของผู้ที่นับถือศาสนาตามแบบนั้นๆ โดยไม่ขัดต่อกฎหมาย ในส่วนของการอุปถัมภ์และคุ้มครองพระพุทธศาสนาตามแบบมหายานไม่ว่าจะเป็นจีนนิกาย อนัมนิกายหรืออื่นใด ซึ่งได้รับการอุปถัมภ์คุ้มครองจากรัฐตลอดมา ให้หน่วยงานของรัฐส่งเสริมและสนับสนุนการศึกษาและการเผยแผ่หลักธรรมคำสอนที่ถูกต้องตามแนวทางดังกล่าว เพื่อให้เกิดการพัฒนาจิตใจและปัญญา สอดคล้องกับความเลื่อมใสศรัทธาของผู้ที่นับถือศาสนาตามแบบนั้นๆ โดยไม่ขัดต่อกฎหมาย
ข้อ 3 ในการอุปถัมภ์และคุ้มครองศาสนาอื่น ได้แก่ ศาสนาอิสลาม ศาสนาคริสต์ ศาสนาพราหมณ์-ฮินดู และศาสนาซิกข์ ซึ่งได้รับการคุ้มครองตามรัฐธรรมนูญและรัฐได้ให้การอุปถัมภ์คุ้มครองตลอดมา ให้หน่วยงานของรัฐส่งเสริมและสนับสนุนการศึกษา และการเผยแผ่หลักธรรมคำสอนที่ถูกต้องตามแนวทางในแต่ละศาสนาดังกล่าว เพื่อให้เกิดการพัฒนาจิตใจและปัญญา สอดคล้องกับความเลื่อมใสศรัทธาของผู้ที่นับถือศาสนานั้นๆ โดยไม่ขัดต่อกฎหมาย
ข้อ 4 ให้สำนักเลขาธิการคณะรักษาความสงบแห่งชาติ กระทรวงวัฒนธรรม กระทรวงยุติธรรม กระทรวงมหาดไทย กระทรวงการต่างประเทศ กระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา สำนักงานสภาความมั่นคงแห่งชาติ ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.) สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ สถาบันการศึกษาด้านศาสนา องค์กรปกครองคณะสงฆ์ องค์กรทางศาสนาต่างๆ ที่ทางราชการรับรอง ร่วมกันกำหนดมาตรการและกลไกในการส่งเสริมความเข้าใจอันดีและความสมานฉันท์ของศาสนิกชนของทุกศาสนา การนำหลักธรรมคำสอนทางศาสนามาปรับใช้ในชีวิตประจำวันในด้านต่างๆ เพื่อประโยชน์ในการปฏิรูปประเทศ เช่น การนำปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียงมาใช้ การมีธรรมาภิบาล ความซื่อสัตย์สุจริต ความสามัคคีปรองดอง การสร้างสังคมสันติสุข และกำหนดมาตรการและกลไกในการป้องกันมิให้มีการบ่อนทำลายพระพุทธศาสนา และศาสนาอื่นดังกล่าวในข้อ ๓ ตลอดจนการสร้างความรับรู้ความเข้าใจแก่ชาวต่างชาติเกี่ยวกับข้อพึงปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติในเรื่องทางศาสนาต่าง ๆ ในประเทศไทย แล้วเสนอคณะรัฐมนตรีภายในสามเดือน
ข้อ 5 ให้สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ และกรมการศาสนารายงานความก้าวหน้าในการดำเนินการตามคำสั่งนี้ พร้อมทั้งปัญหาและอุปสรรค ตลอดจนแนวทางแก้ไขให้นายกรัฐมนตรีทราบทุกสามเดือน
แหล่งข่าวฝ่ายความมั่นคงเปิดเผยว่า ที่มาของการออกคำสั่งดังกล่าวมาจากการบิดเบือนเนื้อหาในร่างรัฐธรรมนูญในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ช่วงของการทำประชามติที่ผ่านมา จนทำให้ประชาชนคล้อยตามและโหวตไม่เห็นชอบกับร่างรัฐธรรมนูญเป็นจำนวนมากในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ดังจะเห็นว่าคำสั่ง คสช.ครั้งนี้ย้ำเรื่องศาสนากับการศึกษา ซึ่งเป็นประเด็นที่มีการบิดเบือนและมีคนหลงเชื่อมากที่สุดใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ นอกจากนี้ ยังเป็นประเด็นที่สร้างความไม่พอใจให้พี่น้องมุสลิมในพื้นที่เป็นอย่างมาก
“เรื่องนี้ถ้าปล่อยต่อไปอาจกลายเป็นประเด็นที่จะถูกนำไปขยายผลต่อเนื่องในพื้นที่ ซึ่งจะส่งผลกระทบต่อความพยายามแก้ปัญหาความไม่สงบในจังหวัดชายแดนภาคใต้อีกด้วย การใช้มาตรา 44 ก็เพื่อคาดหวังว่าจะบรรเทาความไม่พอใจของประชาชนในจังหวัดชายแดนภาคใต้ได้” แหล่งข่าวระบุ
รายงานข่าวแจ้งว่า คำสั่งนี้ คสช.ออกมาเพื่อให้ชัดเจนว่ารัฐบาลให้ความสำคัญกับทุกศาสนา แม้จะมีการเขียนคุ้มครองทุกศาสนาไว้ในร่างรัฐธรรมแล้วก็ตาม เนื่องจากช่วงก่อนการลงประชามติร่างรัฐธรรมนูญมีการวิพากษ์วิจารณ์ถึงมาตรา 67 หมวดแนวนโยบายแห่งรัฐ ที่ระบุว่า “รัฐพึงอุปถัมภ์และคุ้มครองพระพุทธศาสนาและศาสนาอื่น ในการอุปถัมภ์และคุ้มครองพระพุทธศาสนาอันเป็นศาสนาที่ประชาชนชาวไทยส่วนใหญ่นับถือมาช้านาน รัฐพึงส่งเสริมและสนับสนุนการศึกษาและการเผยแผ่หลักธรรมของพระพุทธศาสนาเถรวาทเพื่อให้เกิดการพัฒนาจิตใจและปัญญา และต้องมีมาตรการและกลไกในการป้องกันมิให้มีการบ่อนทำลายพระพุทธศาสนาไม่ว่าในรูปแบบใด และพึงส่งเสริมให้พุทธศาสนิกชนมีส่วนร่วมในการดำเนินมาตรการหรือกลไกดังกล่าวด้วย”
ทั้งนี้มีการนำไปวิพากษ์วิจารณ์กันว่า การบัญญัติดังกล่าวรัฐคุ้มครองเฉพาะศาสนาพุทธ ไม่ให้ความสำคัญศาสนาอื่น ทำให้ในพื้นที่ 3 จังหวัดภาคใต้การขึ้นป้ายไม่เอารัฐธรรมนูญของประเทศไทยด้วย และภายหลังการลงประชามติ พื้นที่ 3 จังหวัดใต้มีคะแนนไม่รับร่างรัฐธรรมนูญมากกว่ารับ
